Por que os japoneses entendem outras línguas asiáticas como o filipino quando são tão próximos uns dos outros?

A premissa da sua pergunta não é precisa. O japonês não está intimamente relacionado com o filipino ou outras línguas asiáticas. O japonês pertence à família das línguas japonesas, enquanto o filipino é uma língua austronésica. As duas famílias linguísticas não são mutuamente inteligíveis.