Quais foram alguns dos problemas na Missão San Miguel?

* Falta de água: A Missão São Miguel estava localizada numa região semiárida e muitas vezes não havia água suficiente para as plantas e animais. Isso dificultou o cultivo e a criação de gado pelos missionários.
* Doença: Os missionários também enfrentaram diversas doenças, incluindo malária, varíola e sarampo. Essas doenças muitas vezes dizimavam a população nativa e dificultavam a difusão da fé pelos missionários.
* Ataques de nativos americanos: A Missão San Miguel também foi atacada por nativos americanos em diversas ocasiões. Esses ataques foram frequentemente motivados pelo desejo dos nativos americanos de proteger suas terras e seu modo de vida.
* Secularização: Em 1834, o governo mexicano aprovou uma lei que secularizou todas as missões na Califórnia. Isto significou que as missões deixaram de ser controladas pela Igreja Católica e as suas terras foram vendidas a particulares. Isto teve um impacto devastador na Missão San Miguel, que perdeu a maior parte das suas terras e acabou por ser abandonada.